Au début des années 1200, appuyé par le pape Innocent III, Simon de Montfort réunit une importante armée, lors de la croisade des Albigeois:

 La croisade s'avance en 3 énormes masses, convergeant vers Toulouse. Le lieu de rendez-vous se fait devant Béziers.

La grande colonne du Nord, dirigée par Arnauld-Alméric, l'abbé de Citeaux, est composé des peuples et des princes d'outre-loire. On les désigne par le nom de Français (François).

 La colonne de l'Ouest, moins nombreuse, est formée d'Aquitains, sous la conduite de l'archevêque de Bordeaux.

 La troisième colonne, moins nombreuse, elle aussi, est dirigée par l'évêque du Puy-en-Velay et vient du Cantal.

La croisade immense, tumultueuse, confuse, évaluée à quelques 300.000 combattants, arrive le 21 juillet 1209, la veille de la Sainte Madeleine devant les remparts de la ville.

Elle a ramassé sur son chemin tous les vagabonds et hommes de proie de l'Europe ainsi que le roi des ribauds, à la tête de ses 15.000 truands déguenillés, formant une hideuse avant-garde.

 Elle enveloppe la ville comme une nuée et campe autour des murailles.
Des centaines de tentes sont installées tout autour de la ville, certaines agrémentées de riches pavillons.

Renaud de Montpeyroux, l'évêque de la cité, sort pour tenter de négocier avant les agresseurs.
 Mais Amaury lui donne comme ultimatum de livrer les 222 hérétiques cathares ou vaudois inscrits sur une liste (écrite par l'évêque lui-même) ou bien de quitter la ville en y abandonnant les hérétiques. L'évêque et quelques catholiques sortent, mais beaucoup de prêtres préférèrent rester avec leur paroissiens.

  Une partie des Biterrois délibèrent pendant la nuit et décident d'attaquer les premiers, au petit jour. Dès que les premières clartés apparaissent, ils sortent par la porte orientale, agitant dans l'air leur pénoncels (bannières) blancs et criant comme pour épouvanter des oiseaux. Ils commencent alors à décocher quelques flêches. Un croisé qui s'était aventuré sur le pont  s'écroule percé de flêches. Un truand est pris, lancé du haut du pont et mis en lambeaux.

  A cette attaque inattendue et à la vue de cette victime, le roi des ribauds sonne de son cor : tous le camps déguenillé s'éveille à ce son, comme un guépier effarouché. Les maraudeurs se lèvent, frémissant de rage, nu-pieds, en chemise, en haillons, armés d'un pic ou d'un levier, d'une massue, ... Le cri "aux armes !" retentit dans le camp des princes; les chevaliers accourent à la rescousse des bohèmes.
La horde hideuse refoule la milice vers les murs et pêle-mêle s'engouffre sous l'arche profonde de la porte orientale puis, finalement, prend pied dans la ville. Pendant deux heures des combats se déroulent près de la porte et dans les quartiers nord. Mais la marée humaine des ribauds, suivie de l'armée des croisés, envahit les murailles et peu à peu tous les quartiers de Béziers.

  Les citoyens reculent; le combat se change en déroute et la déroute en massacre. Les 15.000 truands composant l'armée des ribauds s'élancent au travers de la ville à l'insu des chefs militaires croisés. Le meurtre erre de maison en maison, de rue en rue, de quartier en quartier. Les bohèmes égorgent tout, femmes, enfants, vieillards et même les clercs. Environ sept mille habitants, qui s'étaient réfugiés dans la basilique de la Madeleine, sont égorgés. D'autres, dans la cathédrale Saint Nazaire, subissent le même sort. Les prêtres voulant célébrer l'office des morts sont tués sur l'autel. Le feu est mis aux deux églises pour achever les derniers survivants. Puis le meurtre fait place au pillage et le pillage engendre un nouveau combat entre les vainqueurs.

  Les barons essaient d'arracher la ville à la rapacité des truands. Ils leur font lâcher prise à coup d'épée, à coup de baton, comme à des chiens. Mais le roi des gitans ne veut pas céder son butin à l'abbé de Citeaux : c'était le prix du massacre. Il fait mettre le feu à la ville, pleine de richesses, pleine de cadavres. L'incendie refoule les vainqueurs, dévore leur proie et leur espérance, et Béziers périt tout entier. Le nombre des morts : l'abbé de Citeaux en avoue 15.000 au pape Innocent III : 7000 à la Madeleine et 8000 à Saint Nazaire. Nangis en ajoute 2000 de plus et Guillaume le Breton porte ce chiffre à 60.000. D'autres auteurs feront monter le chiffre à 100.000; cependant, un chiffre de 50 à 60.000 semble être le plus proche de la réalité

La cathédrale Saint-Nazaire, construite à la fin du XIIème sièce, par un certain Maître Gervais, est incendiée elle aussi et s'écroule sur les gens qui s'y étaient réfugiés. [De l'édifice subsiste, de nos jours, les deux travées droites du chœur, la base du clocher et les parties inférieures du transept. Après cette destruction, la cathédrale sera progressivement rebâtie : à la réparation de la nef (fin XIIIème siècle), succèdera la construction du chœur, les chapelles latérales, la facade occidentale et le cloître (XIVème siècle). Puis, en 1444, l'évêque Guillaume de Montjoie fera édifier la chapelle dédiée aux saints Nazaire et Celse (l'actuelle sacristie) ainsi que celle située au-dessus de la salle capitulaire. Entre 1623 et 1632, une tribune et un orgue seront édifiés au fond de la nef. Au XVIIIème siècle, le chœur est rénové et le jubé, qui le fermait au niveau du transept, démoli. La cathédrale sera restaurée au XIXe siècle, puis en 1932.]

Ce massacre (le "gran mazel" en occitan - la grande boucherie) restera gravé dans les mémoires. Les croisés verront Béziers brûler pendant 3 jours. Une grande partie des ruines restera près d'un siècle sur les cimes, un noir amas de décombres et d'ossements. Les troubadours en feront l'écho, tel le célèbre toulousain Guilhem Figueira qui écrivit une diatribe virulente contre l'Église romaine.

En 1229, Béziers est rattachée à la couronne de France.